結論から言うと、
約1ヵ月の奮闘にて、検索は正常化しましたが、
疑わしい点の修正や対応をひとつずつ検証するような時間的余裕もなかったため、何が功を奏したかはわかりませんし、
もしかしたら何もしなくても一定期間が経過すれば正常になったのかもしれません。
ただ、正常化とともにメインワードでのオーガニック検索順位が上がったので、いろいろな対応は無駄ではなかったのは幸いでした。
今回は、検索時のユーザビリティの向上、キーワードとサイトの関連性を徹底し、全体を正しくインデックスするしか思いつきませんでした。
これらの対応で何とか問題解消できてよかったですが、あるいはお手上げになる可能性もあったことを考えると、検索からの流入に特化したWEBプロモーションは一考する必要を感じます。